和姚仲明从团结各界人士联合抗战出发，当即表示欢迎。这样一来，五军编了三个中队，队伍近400人，有枪200余支。

    刚过了1938年元旦，日军占领了长山城。为鼓舞军民斗志，打击日军的嚣张气焰，在马、姚的策划下，由廖容标率30名队员，化装成农民，夜袭长山城，且一举成功。守城的33名伪军被一网打尽，收缴步枪17支和一些弹药。此后不久，五军又在小清河上的陶唐口伏击了日军的一艘军船。日军地区司令松井山林中将为首的12名日军全部被击毙。两次胜利，鼓舞了五军士气和群众的抗日热情，同时也震动了山东的日寇。

    至1938年4月，五军队伍扩大到5000人之众。经过统一编制，组建成七个支队，下辖30个中队。其中第一支队司令员马天民是马耀南的三弟，第七支队司令员马晓云是马耀南的二弟。因而，在抗日战争中鲁北地区人民皆称之为“一马三司令”，并广为流传着称颂马家三兄弟的歌谣：“一马三司令，得了抗日病。齐心打日本，保卫老百姓。”

    1938年5月，五军攻克了邹平城。在马耀南主持下，邹平第一次选举了县长。

    1938年6月16日在邹平城举行了五军整编大会。山东抗日救国军第五军正式整编为八路军第三支队，司令员马耀南，政治委员霍士廉，副司令员杨国夫。下辖三个团一个营。

    马耀南身为司令，始终坚持平易近人与士兵同甘共苦。他待士兵一贯像兄长待兄弟，老师对学生一样关心爱护。原来长山中学的学生兵，仍然亲切地喊他马校长。部队到了缺水的山区，找到一点水，都要分着饮，马司令从不例外。有的山区群众吃的是“湾水”，也就是村边池塘里流聚的雨水。部队到那里，都要同群众一样吃“湾水”。有的战士不习惯，马司令就带头喝。马司令口腔生疮，吃煎饼难咬。司务长为他炒个鸡蛋，受到严厉的批评。最后，只好把鸡蛋给别的病号吃。

    马司令善于对每次战斗进行总结，从中找出成功和失败的经验与教训。因而他由一介书生迅速锻炼成为一位机智勇敢、多谋善断、指挥得当的军事指挥员。在他经历和指挥的几十次大小战斗中，绝大多数他都是胜利者。

    1938年10月，由边区省委书记郭洪涛和特委书记霍士廉介绍，马耀南加入了中国共产党。

    1939年6月初，日军纠结5000余人，配有各种炮10余门，汽车20余辆，突然包围了驻守在邹平县刘家井一带的三支队。敌人大兵压境，三支队处境十分险恶。在马耀南司令和杨国夫副司令的指挥下，我军上下同仇敌忾，顽强反击日军，并多次同日寇进行英勇悲壮的肉搏战。最后，毙伤日军井口司令以下日伪军共800余人，随之撤出战斗。当年7月21日，部队转移到桓台县牛旺庄，又遭日寇三面包围。我军经一昼夜英勇战斗，决定向东转移。并决定马司令先撤，杨副司令掩护、断后。22日当马司令一行骑马撤到紧靠牛旺庄东侧的大寨村时，突遭日军伏兵射击。马司令身负重伤落马，爬行到一墙脚，用手枪击毙数名日军。当一日军企图用刺刀杀害马司令时，马司令用最后一颗子弹把那敌人的手臂打断，并拖倒敌人用手枪击破敌人的脑壳，自己也因流血过多而壮烈殉国。年仅37岁。

    为纪念马耀南的功绩，1946年，中共渤海区党委将长山县更名为耀南县。